OMX850 - Initiation au séquençage d’ADN génomique

Cible(s) de formation

Se familiariser avec les méthodes de séquençage et d’assemblage d’ADN génomique. Planifier et réaliser des protocoles à haut débit de préparation de banques de séquençage de 2^e et 3^e génération. Comprendre les étapes de contrôle de qualité préalables au séquençage. Comprendre le fonctionnement des appareils de séquençage récents. Analyser et interpréter les données de séquençage brutes à l’aide d’outils bio-informatiques appropriés. Se familiariser avec les outils bio-informatiques d’assemblage, d’analyse et de visualisation de séquences génomiques. Comprendre les forces et faiblesses des différentes technologies de séquençage.

Contenu

Présentation des technologies de séquençage de 2^e (Illumina, Element Biosciences) et 3^e (Oxford Nanopore) générations; présentation des protocoles de séquençage d’ADN génomique associés aux différentes technologies; préparation de banques de séquençage à partir d’échantillons d’ADN génomique; analyses de qualité des banques de séquençage; quantification et préparation des mélanges d’échantillons à séquencer; mise en marche des différents appareils de séquençage; analyses bio-informatiques pertinentes pour le contrôle de qualité des lectures de séquençage, pour l’assemblage de séquences génomiques, l’alignement des lectures sur génome de référence, l’analyse de variants génétiques, la visualisation et l’interprétation des résultats obtenus.

* Sujet à changement