Chaire CRMUS en intelligence artificielle et multiomique appliquées aux pathologies pédiatriques
De nouvelles technologies développées au cours de la dernière décennie, telles que le profilage ribosomique (Ribo-seq) et la protéogénomique, ont permis de révéler des milliers de séquences codantes qui étaient jusqu’alors absentes des annotations actuelles du génome.
Une grande proportion de ces séquences oubliées provient de pseudogènes. Alors que ces derniers étaient souvent considérés comme des reliques du passé destinées à disparaitre du génome, les résultats obtenus du Ribo-seq ou de la protéogénomique ont permis de démontrer que les pseudogènes ne sont pas tous des résidus de l’évolution.
Ainsi, ce sont des milliers de séquences codantes importantes qui ne sont pas considérées scientifiquement. À l’heure de la médecine de précision, il y a un besoin urgent et crucial de bien comprendre notre génome et l’importance que joue chacun de ses éléments.
Objectifs
L’objectif général de la Chaire CRMUS en intelligence artificielle et multi-omique appliquées aux pathologies pédiatriques est de caractériser le rôle et l’importance des pseudogènes dans les mécanismes biologiques et les pathologies pédiatriques telles que les neuroblastomes et les troubles héréditaires du développement.
Avec l’utilisation de l’intelligence artificielle et une approche dite « du laboratoire au chevet du patient », la titulaire et son équipe mobiliseront les résultats obtenus en laboratoire dans le but de développer de nouvelles avenues pour traiter les patientes et les patients.
Elle poursuit également les objectifs spécifiques suivants :
- Démontrer l’importance biologique des pseudogènes à partir de pseudogènes candidats.
- Développer des méthodes analytiques nécessaires à la détection à large échelle des pseudogènes dans les données omiques.
- Évaluer le rôle prédictif et causal des pseudogènes dans les neuroblastomes pédiatriques et les troubles héréditaires du développement.
- Former une relève scientifique bilingue et du personnel hautement qualifié (HQP), experts en bioinformatique et en analyse omique.
- Transférer les connaissances issues des travaux de la chaire auprès du grand public, notamment par le biais de conférences et d’articles de vulgarisation ainsi que par l’intermédiaire d’un site Web et de répertoires de codes informatiques.
- Diffuser les résultats de recherche par le biais d’articles scientifiques évalués par les pairs et de conférences dans le cadre de congrès nationaux et internationaux.
Titulaire de la chaire
Marie Brunet
Profil
Marie Brunet est professeure au Département de pédiatrie de la Faculté de médecine et des sciences de la santé de l'Université de Sherbrooke. Elle détient une expertise diversifiée et unique alliant la biologie moléculaire à l’intelligence artificielle, en passant par la médecine. La professeure Brunet est reconnue internationalement dans le domaine de l'annotation des séquences codantes non canoniques et des techniques omiques.
En plus de faire partie de deux consortiums internationaux (HelTI et Ribo-seq ORF Consortium mené par Gencode), elle codirige OpenProtm, la seule ressource multi-omique soutenant un modèle d’annotation polycistronique pour les eucaryotes, en plus d’entretenir des collaborations au Québec, au Canada et à l’international. Finalement, elle fait partie du comité d’administration du Canadian National Proteomics Network (CNPN).
Financement
La Chaire CRMUS en intelligence artificielle et multi-omique appliquées aux pathologies pédiatriques est créée grâce à un programme de chaires mis en place en 2015 par le Centre de recherche médicale de l’Université de Sherbrooke (CRMUS). La professeure Marie Brunet est la huitième récipiendaire de ce programme qui vise à soutenir la carrière de jeunes chercheures et chercheurs de la Faculté de médecine et des sciences de la santé (FMSS).
Date de démarrage de la chaire : 1er juillet 2023
Informations complémentaires
Pour en savoir plus sur la Chaire CRMUS en intelligence artificielle et multi-omique appliquées aux pathologies pédiatriques, consultez cette nouvelle.